Las competiciones deportivas fueron creadas como una alternativa a la violencia y los conflictos entre las personas, con el objetivo de proporcionar un encuentro pacífico para las naciones del mundo. Sin embargo, este noble objetivo fue completamente eludido por un incidente que degeneró en una guerra entre dos países, El Salvador y Honduras. Este conflicto, conocido mundialmente como la «Guerra del Fútbol», fue desencadenado por un partido de clasificación para la Copa del Mundo y duró cuatro días, causando miles de muertes y desplazamientos. Finalmente, atrajo la atención de las instituciones internacionales, superando a los organismos deportivos.

La chispa se encendió en el estadio «Azteca» en Ciudad de México el 27 de junio de 1969, donde se disputó un partido decisivo entre Honduras y El Salvador para obtener un lugar en la Copa del Mundo de 1970, que se celebraría en México. Ninguno de los dos países había participado anteriormente en la Copa del Mundo, y se enfrentaron en un partido de repesca después de que Honduras ganara el primer partido 1-0 en Tegucigalpa. El Salvador respondió ganando el partido de vuelta 3-0 en San Salvador. Los equipos debían jugar un partido de repesca en un terreno neutral en México. El partido terminó con un empate 2-2 después del tiempo reglamentario, llevando a una prórroga. En el minuto 11 de la prórroga, el jugador salvadoreño Mauricio Rodríguez anotó el tercer gol para El Salvador, asegurando una victoria 3-2 y la clasificación para la Copa del Mundo para El Salvador. Sin embargo, la situación no terminó ahí. Tres semanas después, estalló una feroz guerra entre las dos naciones, con miles de víctimas y desplazados.

El partido fue el detonante, pero había agravios históricos más profundos entre los países. En 1969, El Salvador tenía una población de 3 millones de habitantes y era un país pequeño en el que la mayoría de las tierras estaban controladas por una élite rica y terratenientes, lo que dejaba a los agricultores salvadoreños pobres con acceso muy limitado a la tierra. En cambio, Honduras, el país vecino, cinco veces más grande en superficie y con una población de 2,3 millones de habitantes, tenía menos terratenientes. Esta disparidad llevó a los salvadoreños a emigrar a Honduras en busca de tierras y empleo en empresas frutales estadounidenses. Animados por los terratenientes salvadoreños para aliviar la presión sobre sus tierras, alrededor de 300,000 salvadoreños se establecieron en Honduras a finales de la década de 1960, representando aproximadamente el 20% de la población hondureña. Este flujo de inmigrantes provocó un considerable descontento entre los agricultores hondureños que luchaban por obtener tierras. En respuesta, el presidente hondureño Oswaldo López Arellano implementó una reforma agraria selectiva, centrada en las tierras ocupadas por los inmigrantes salvadoreños en lugar de las tierras de las élites o las empresas estadounidenses. Esto llevó a la expropiación de las tierras ocupadas por los salvadoreños y la expulsión de miles de ellos, aumentando las tensiones entre los dos países, incluidos los conflictos fronterizos.

El retorno masivo de los migrantes salvadoreños ejerció una gran presión sobre el gobierno salvadoreño, especialmente después de que los terratenientes incitaran al presidente Fidel Sánchez Hernández a tomar medidas militares contra Honduras. La prensa salvadoreña comenzó a informar sobre las violaciones que sufrían estos migrantes, con alegaciones de violaciones, torturas y asesinatos, lo que contribuyó a aumentar el antagonismo entre los ciudadanos de los dos países. Este clima tenso se vio agravado por el enfrentamiento entre los dos equipos en las eliminatorias para la Copa del Mundo, convirtiendo el partido en un asunto de orgullo nacional para los jugadores, ya que una derrota se consideraría una vergüenza eterna.

El 8 de junio, los equipos se encontraron en el partido de ida en Honduras, donde el hotel del equipo salvadoreño fue atacado con piedras antes del partido. El encuentro terminó con una victoria para los anfitriones por 1-0, lo que tuvo un efecto devastador en una adolescente salvadoreña de 18 años, Amelia Bolaños, que decidió suicidarse con un tiro. El periódico local «Nacional» publicó la noticia de su muerte en la primera página, en la cobertura de la humillante derrota del país, señalando que la joven no podía soportar ver a su país arrodillado. Todo El Salvador estaba de luto por la adolescente, y los miembros del equipo salvadoreño participaron en su funeral, llevando el ataúd por las calles y llorando la pérdida de la joven. El día del partido de vuelta el 15 de junio, las imágenes de Amelia dominaron los periódicos con el título: «No pudo soportar la vergüenza». Antes del partido, el hotel del equipo hondureño fue destruido, y cabezas de cerdo fueron lanzadas por las ventanas. El día del partido, la primera brigada mecanizada del ejército salvadoreño transportó a los jugadores hondureños al estadio en tanques. El entrenador hondureño Mario Griffin comentó: «Parecía que los soldados querían matarnos y dispararnos. Luego, el camino estaba bordeado de miles de personas sosteniendo fotos de la joven fallecida, y la Guardia Nacional trataba a los jugadores y oficiales hondureños como prisioneros. Dentro del estadio, la bandera de Honduras fue quemada y reemplazada por un viejo trozo de tela. Bajo este clima de odio y muerte, jugamos el partido, que terminó con una victoria de 3-0 para El Salvador. Tuvimos suerte con esa derrota». Las palabras del entrenador resultaron ser correctas, ya que hubo disturbios importantes después del partido, con el asesinato de dos aficionados hondureños y cientos de heridos.

Debido a los resultados de los partidos de ida y vuelta, se organizó un partido de desempate el 27 de junio de 1969 en México. Durante los preparativos para este partido, El Salvador rompió relaciones diplomáticas con Honduras, alegando que cerca de 12,000 salvadoreños habían sido forzados a abandonar el país después del segundo partido debido a la persecución relacionada con la derrota de Honduras. El gobierno salvadoreño acusó al gobierno hondureño de no hacer nada para prevenir los asesinatos, las violaciones, las torturas y las expulsiones masivas, y de no haber tomado medidas efectivas para castigar a los responsables de estos crímenes que constituían genocidio. El Salvador consideró entonces que no tenía sentido mantener relaciones con Honduras, lo que exacerbó aún más las tensiones entre los dos países. Las autoridades mexicanas se vieron obligadas a desplegar 1,700 policías para prevenir cualquier disturbio público, mientras los aficionados salvadoreños desde las gradas gritaban «¡Mátalos… Mátalos!».

El partido de desempate terminó con una victoria de El Salvador por 3-2, permitiéndole clasificar a la Copa del Mundo y desencadenando la guerra entre los dos países. Las hostilidades comenzaron con escaramuzas fronterizas el 14 de julio, seguidas por la orden de El Salvador de invadir Honduras. Los aviones de combate salvadoreños bombardearon las instalaciones clave en Honduras, que respondió atacando las instalaciones militares, aeropuertos y plataformas petroleras salvadoreñas, y lanzando combates terrestres entre las dos partes. La guerra duró cuatro días y, cuando la Organización de Estados Americanos logró negociar un alto el fuego el 18 de julio, se estimaba que cerca de 3,000 personas, principalmente civiles en Honduras, habían perdido la vida, con un número aún mayor de desplazados debido a los combates. Bajo la presión internacional, El Salvador retiró sus tropas del territorio hondureño en agosto del mismo año. Aunque la guerra terminó, quedó una profunda herida entre los dos países, con un cese en el comercio y un cierre prolongado de las fronteras, hasta que se firmó un tratado de paz en Perú en 1980. Los problemas fronterizos persisten hasta hoy, pero no han alcanzado el nivel del conflicto anterior.

El Salvador fue a México al año siguiente para participar en la Copa del Mundo, donde sufrió tres derrotas ante México, Bélgica y la Unión Soviética, sin marcar ningún gol y recibiendo nueve goles. Después de su eliminación del torneo, todo el equipo se dirigió a la tumba de Amelia para rendirle homenaje, conmemorando su memoria anualmente en el país. El jugador Mauricio Rodríguez, quien anotó el gol decisivo en el partido de repesca, dice: «Para mí, ese gol siempre será una fuente de orgullo deportivo. Pero lo que estoy seguro es que las autoridades y los políticos usaron nuestra victoria deportiva para glorificar la imagen de El Salvador. La guerra habría estallado si hubiera anotado ese gol o no. Respetamos al equipo hondureño, no eran nuestros enemigos, solo competidores deportivos.»